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作業が完了して代金を請求したものは、全て売上として計上します。
契約によっては、完成していなくても進捗状況によって売上計上しなければならないものもあります。
逆に、定期的に役務を提供する契約で、未だ経過していない期間分の報酬をうけとった場合には、未経過期間分の収入は、売上ではなくて前受金となります。
税務では原則として入金ベースではなくて発生ベースで収益を認識しますので、注意が必要です。
いつ売上計上すべきか不明な場合は、税務署か顧問税理士にご相談ください。

作業を外注に出した場合には、その代金支払いについて、外注費なのか給料なのかについて注意が必要です。それは消費税や源泉所得税にかかわってきます。外注費なら基本的に源泉所得税は引きませんし、消費税も課税仕入れになります。一方、給料であれば、源泉所得税を差し引いて支払い、年末調整等の手続きの必要がありますし、消費税も非課税仕入れになります。
事業が軌道に乗ってきて、取引金額が多くなってくると、作業の進捗状況をどのように管理しているかが重要になってきます。作業を行う際には、こまめに記録を残しておくと良いでしょう。

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